Perfect Cherry Blossom là một game bắn súng cuộn dọc, trong đó người chơi sẽ bắn kẻ thù sẽ xuất hiện từ trên cùng của màn hình, trong khi phải né tránh các cuộc tấn công của chúng, và chiến đấu với một con trùm ở giữa màn và ở cuối màn. Trò chơi bao gồm sáu màn chơi và cũng cung cấp một chế độ luyện tập, cho phép người chơi chơi qua một màn duy nhất bất kỳ lúc nào, miễn là họ đã sẵn sằng hoàn thành nó.

Trong Perfect Cherry Blossom, phương thức tấn công chính của người chơi là dùng 'kiểu đạn bắn' của họ, sát thương và hành vi của chúng thay đổi tùy thuộc vào nhân vật được đề cập và mỗi nhân vật có hai kiểu bắn có sẵn. Người chơi cũng có thể sử dụng 'bom' để xóa màn hình đạn, tạo cho bản thân khả năng bất tử trong một khoảng thời gian ngắn và gây sát thương lớn, nhưng người chơi chỉ có một số lượng bom hạn chế để sử dụng. Trong suốt quá trình của trò chơi, kẻ thù sẽ rơi ra các Vật phẩm Sức mạnh, điều này sẽ làm tăng sát thương kèm tốc độ bắn của người chơi và Vật phẩm Điểm, mang lại cho người chơi điểm, góp phần bổ sung mạng và bom của họ. Khi ở hỏa lực bắn tối đa, người chơi có thể di chuyển lên nửa đầu màn hình để thu thập tất cả các vật phẩm trên màn hình. Người chơi cũng sẽ nhận được một điểm thưởng nếu họ có thể 'bắt' được một thẻ bài phép của kẻ thù - bằng cách hoàn thành nó mà không chết, ném bom hoặc hết thời gian.

Perfect Cherry Blossom có ba nhân vật có thể chơi khác nhau để lựa chọn, với hai kiểu bắn khác nhau. Hakurei Reimu bắt đầu với ba quả bom, có hitbox nhỏ, và có lượng thời gian dài nhất trong trò chơi để deathbomb (kích hoạt một quả bom ngay sau khi bị đánh, tránh việc mất mạng), nhưng hỏa lực đạn yếu. Kirisame Marisa là nhân vật nhanh nhất và có ranh giới thấp hơn để thu thập tất cả các vật phẩm trên màn hình, nhưng có phạm vi tấn công hẹp và bắt đầu bằng hai quả bom. Izayoi Sakuya có hitbox lớn nhất, có điểm Cherry bị trừ thấp hơn nếu bị dính đan, và có thể tấn công trên một phạm vi thậm chí còn lớn hơn cả Reimu. Cô ấy bắt đầu với bốn quả bom.[1]

Thay đổi lớn nhất mà Perfect Cherry Blossom giới thiệu so với bản tiền nhiệm Embodiment of Scarlet Devil là việc bổ sung hệ thống tính điểm "Cherry". Bắn kẻ thù và lướt đạn (có đạn của kẻ thù chạm đến cạnh hitbox của người chơi) làm tăng "Cherry Meter", và việc ném bom hoặc dính đạn sẽ giảm nó. Điểm anh đào cao hơn cho phép người chơi nhận được nhiều điểm hơn từ Vật phẩm Điểm và khi thu thập được tổng cộng 50.000 Điểm anh đào, người chơi sẽ được kích hoạt một Kết giới siêu nhiên, một chiếc khiên tồn tại trong bảy giây. Trong khi chiếc khiên hoạt động, Điểm Vật phẩm được thu thập ngay lập tức và người chơi có thể được bảo vệ khỏi một lần dính đạn từ kẻ thù, sẽ loại bỏ tất cả đạn mạc trên màn hình nhưng Kết giới sẽ biến mất. Nếu người chơi có thể sống sót trong toàn bộ thời gian của lá chắn mà không bị bắn trúng, người chơi sẽ nhận được điểm thưởng.[2]

Những thay đổi quan trọng khác về lối chơi được giới thiệu trong Perfect Cherry Blossom là sự xuất hiện của hitbox của nhân vật người chơi khi chuyển sang chế độ tập trung, cũng như cảnh quay của người chơi có các thuộc tính khác nhau nếu chúng được tập trung, một con trỏ ở lề dưới của màn hình trong trận đấu trùm cho biết người chơi hiện đang ở vị trí của con trùm và thời gian nhất định để thực hiện một lượt deathbomb.[3]

Nếu người chơi hoàn thành trò chơi mà không sử dụng tiếp tục, Giai đoạn Extra sẽ được mở khóa,[4] với độ khó khó hơn đáng kể so với trò chơi mặc định, ZUN cũng thừa nhận rằng không phải tất cả người chơi đều có thể hoàn thành.[5] Dành riêng cho Perfect Cherry Blossom, có một Giai đoạn Phantasm sau Giai đoạn Extra, khó hơn Giai đoạn Extra và chứa đựng phần kết cho câu chuyện của trò chơi.